آیت الله سید جعفر شهرستانی در شهر مقدس کربلا متولد گردید وتا هنگام فوت پدر بزرگوارشان (آیت الله سیدمحمدحسین شهرستانی) درهمان شهر سکونت داشته ومشغول تعلیم وتعلم علوم دینی وانجام وظایف شرعی بود. ایشان پس از فوت پدر علامه خود به مشهد مقدس مهاجرت نموده وبه اندک مدتی از مجتهدین معروف وعلمای طراز اول خراسان وامام جماعت مسجد گوهرشاد (پای منبر صاحب الزمان درذیل گنبد) گردیدند. سیدجعفر درعلم جفر رمل و اسطرلاب تبحر داشته و ازسوی دیگر به امر استخاره نیز مبادرت می نمودهاند وبه قدری در این موضوع استادی داشته اند که در مشهدمقدس به "صاحب استخاره" یاد می شده است. از ایشان تصانیفی در علوم مختلف همچون: فقه. علوم غریبه (همچنان که آیت الله مرعشی نجفی درتعلیقه احقاق الحق فرمودند) وجود دارد. درباره انجام استخاره توسط آن مرحوم گفته اند:روزانه مردم زیادی جهت استخاره به ایشان مراجعه می نمودند از طرفی برخی از افراد هم از شهرها وروستاهای دور ونزدیک درباره استخاره نامه هایی به آن بزرگوار می نوشته اند وچون سید جعفر از نیت شخصی واز محتوای نامه های آنان اطلاع داشتند ""لذا قبل از آنکه نامه های رسیده را باز کنند جواب مربوطه را پشت پاکت همان نامه قید وبه صاحبان آنها برگشت می دادند"" آیت الله سید جعفر شهرستانی پس از عمری پربار سرانجام در سال 1316شمسی در مشهد مقدس فوت نمودند وپیکر پاک ایشان در رواق بالاسر حضرت امام رضا علیه السلام به خاک سپرده شد.