در زمان شاهنشاهی هخامنشی در ایران (۵۵۸-۳۳۰ پ.م.) کتاب‌های علمی و مذهبی ایران از زمان زرتشت در کتابخانه‌های «گنج هاپیگان» در تخت سلیمان و «دزی ناپشت» در تخت جمشید بایگانی شده‌بودند. گمان می‌رود که این کتاب‌ها در موضوعات فلسفه، نجوم، کیمیاگری و علوم پزشکی بوده‌است، موضوعاتی که مغان ایران در آن‌ها استاد بودند. پس از فتح ایران توسط اسکندر مقدونی، کلیهٔ این کتاب‌ها در آتش سوختند. همچنین می‌توان به کتابخانه دانشگاه جندی شاپور که یکی از کتابخانه‌های بزرگ ایرانیان در عهد باستان (ساسانیان) بود، همچنین کتابخانه شوش در زمان هخامنشیان که پس از حمله اعراب به ایران ازبین رفت اشاره کرد.