چنانچه گفته شده صخرهٔ مقدسی که پیامبر اسلام از روی آن به معراج رفتند در داخل قبه الصخره و درست در وسط آن قرار دارد. در داخل این صخره غاری وجود دارد که حدوداً ده نفر می‌توانند در آن نماز بخوانند و به همین جهت این محوطه را «مسجد صخره» می‌نامند. کف مسجد الصخره در حدود ۳ متر پایین تر از کف «قبه الصخره» است. داخل مسجد الصخره به وسیلهٔ برق روشن می‌گردد . «صخرهٔ مقدس» و «مسجد الصخره» در داخل آن قراردارد، در حقیقت یک قطعه سنگ واحد بزرگی است که در اصل قلهٔ کوهی بوده‌است و لذا سطح بیرونی آن به صورت حرم هرمی از کف «قبه الصخره» به اندازهٔ یک متر و نیم بلندتر بوده و بر آمده می‌باشد. این صخره که سخت است دارای رنگ سفید مایل به کرم و تقریباً مانند نوعی مرمر به نظر می‌رسد. در أثر زلزلهٔ سال ۱۰۶۷، تَرکی بر روی صخره ایجاد شد که هم اکنون قابل مشاهده‌است.