بعد از دوسال از وقايع نسخه اول، Optimus Prime ( با صداي Peter Cullen ) و Autobot هايش بروي يک واحد فوق محرمانه نظامي چند مليتي به نام NEST کار مي کنند تا Decepticon ها ( ربات هاي بد ) را که در سراسر کره زمين مخفي شده اند را به دام بياندازند. کاپيتان Lennox و استوار ارشد Epps نيز که در نسخه اول حضور داشتند آنها را همراهي مي کنند. دولت جديد واشنگتن _ حکومت آمريکا عوض شده و برخلاف فيلم قبلي که به پرزيدنت George W. Bush اشاره مي کرد ترنسفورمز جديد بهBarack Obama ارجاع دارد _ با NEST در نحوه رفتار با ربات هاي متخاصم اختلاف نظر دارد.Theodore Galloway مشاور امنيت ملي قصد دارد تا NEST را منحل و Autobot ها را مجبور به ترک زمين کند که اين باعث اندوه Optimus Prime و اعضاي واحد مي شود.