داستان فيلم آواتار، زمينيان بمنظور تصرف منابع سرشار پندورا (سياره ناوي‌ها)، آماده براي اشغال نظامي و استفاده از قوه قهريه مي‌شوند که منجر به نابودي خانه و کاشانه ناوي‌ها و محيط زيستشان خواهد گشت. ناوي‌ها اکنون در معرض انقراض قرار دارند.اما از سوي ديگر، گروهي از انسان‌هاي دانشمند مشغول آزمايش پروژه‌اي هستند بنام «آواتار» که در آن با علم ژنتيک بدن‌هاي ناوي مصنوعي در آزمايشگاه خلق کرده، و خودآگاهي انساني را بعنوان راننده? آن بدن بطور موقت درون آن بدن تزريق يا قالب کرده تا بتوانند از اين طريق با فرستادن اين ناوي‌هاي مصنوعي، داخل جماعت ناوي‌ها بطور ناشناس تجسس کرده تا بلکه فرهنگ و رسم و رسوم آنان را بشناسند. در واقع، اين بدن‌هاي مصنوعي چيزي جز نوعي نفربر با کنترل از راه دور بسيار پيشرفته نيست.جيک سالي (به بازيگري سام ورتينگتن)، سربازي جانباز بر روي ويلچر است که هنگام خدمت در تفنگداران دريايي ايالات متحده آمريکا از ناحيه دو پا فلج شده‌است. هنگامي که او را براي پروژه آواتار بعنوان خلبان يکي از بدن‌ها بکار مي‌گيرند، او طبق ماموريتش سعي در رخنه کردن در بوميان و کشف رموز و اطلاعات سري آنان مي‌پر