پس از به قدرت رسيدن عباسيان، همانطور كه آن حضرت پيش بيني كرده بود فشار بر شيعيان افزايش يافت و با روي كار آمدن منصور اين فشار به اوج خود رسيد. امام نيز از اين فشار ها مستثني نبود. اين دوران، يعني چند سال آخر عمر آن حضرت بر خلاف دوران اوليه امامتشان،‌ دوره سختي ها و انزواي دوبارة آن حضرت و حركت تشيع بود. منصور شيعيان را به شدت تحت كنترل قرار داده بود.
سرانجام كار به جايي رسيد كه با تمام فشارها، منصور چاره اي نديد كه امام صادق را كه رهبر شيعيان بود از ميان بردارد و بنابراين توسط عواملش حضرت را به شهادت رساند. آن حضرت در سن 65 سالگي در سال 148 هجري به شهادت رسيد و در قبرستان معروف بقيع در كنار مرقد پدر و جدّ خودش مدفون گرديد .
در زمينه فضايل و مكارم اخلاقي حضرت صادق روايات و وقايع بسيار زيادي نقل شده است. آن حضرت با رفتار كريمانه و خلق و خوي الهي خود بسياري از افراد را به راه صحيح هدايت فرمود، به گونه اي كه پيروان ديگر مكاتب و اديان نيز زبان به مدح آن حضرت گشوده اند.